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Analyses cellulaires et moléculaires des hémopathies malignes

Le diagnostic des leucémies et lymphomes est basé sur une synthèse de résultats émanant de plusieurs techniques de laboratoire: analyses morphologiques par microscopie, analyses immunophénotypiques par cytométrie en flux, analyses chromosomiques par caryotype et FISH, ainsi que des analyses génétiques employant des méthodes de biologie moléculaire (p.ex.: PCR, qRT-PCR). Seule l'interprétation correcte de ces différentes analyses par des spécialistes permet de formuler le diagnostic précis et l'élaboration d'une approche thérapeutique adaptée. Notre groupe développe des nouvelles méthodes moléculaires avec le but de perfectionner et en même temps simplifier la classification des hémopathies malignes.

Projet 1: Diagnostic par analyse du profil d'expression génique.

Depuis le développement des micropuces qui permettent l'analyse de l'expression globale du profil génique d'une population cellulaire, plusieurs études ont montré le potentiel de cette approche dans la classification des leucémies aiguës et des lymphomes. Notre recherche utilise une approche similaire en combinant un nouveau système d'analyse digitale du profil d'expression génique plus sensible et plus précis que la méthode des micropuces avec des nouvelles méthodes mathématiques d'analyse des données. En collaboration avec une équipe de la Haute Ecole HEIG-VD d'Yverdon nous developpons des algorithmes dżanalyses supervisées et non-supervisées basés sur la logique floue pour optimiser le processus de classification pour chaque patient.

Projet 2: Diagnostic par séquençage haut débit.

Au cours des dernières années est apparue une nouvelle génération de séquenceurs dits à haut débit permettant probablement dans les années à venir le séquençage du génome entier d'un patient dans un laboratoire hospitalier de génétique moléculaire. Le séquençage d'un génome tumoral présente néanmoins un certain nombre de difficultés (taille et état de conservation de la pièce, ploïdie, hétérogénéité cellulaire clonale et sous-clonale...). En outre les mutations sont somatiques et variées (mutations ponctuelles, délétions, duplications, insertions/délétions, réarrangements...). Tous ces éléments rendent indispensables la comparaison génome tumoral/génome constitutionnel du malade. Notre projet actuel porte sur le séquençage après capture de régions particulières du génome, en collaboration avec la compagnie Sophia Genetics et D.Hochstrasser (DMGL, HUG).

Projet 3: Analyse de la molécule d'adhésion JAM-C comme marqueur de lymphome et cible de traitement.

La molécule JAM-C est une molécule d'adhérence, exprimée à la surface des cellules endothéliales des vaisseaux sanguins au niveau des jonctions intercellulaires. Elle est impliquée dans la migration des cellules hématopoïétiques à travers la barrière endothéliale et l'accumulation des leucocytes au lieu d'une inflammation tissulaire. Nous avons montré que JAM-C est également exprimé à la surface des lymphocytes B et que les lymphocytes tumoraux de certains lymphomes B expriment fortement JAM-C, ce qui nous suggère que cette molécule pourrait être impliquée dans la croissance de ces lymphomes ainsi que dans leur dissémination. Notre recherche vise à étudier dans un modèle murin, si un traitement avec des anticorps -JAM-C ou des ligands solubles de JAM-C pourrait diminuer la croissance de lymphomes B et la migration des lymphocytes tumoraux dans les organes lymphoïdes. Ce projet devrait nous permettre d'établir JAM-C comme une cible pour une immunothérapie des lymphomes B.

Publications du groupe

Expression profiling of human immune cell subsets identifies miRNA-mRNA regulatory relationships correlated with cell type specific expression.
PLOS ONE
2012 vol. 7(1) pp. 29979-29979
ALLANTAZ F AND AL.

Using digital RNA counting and flow cytometry to compare mRNA with protein expression in acute leukemias.
PLOS ONE
2012 vol. 7(11) pp. 49010-49010
FERNANDEZ P AND AL.

Production of the plasma-cell survival factor a proliferation-inducing ligand (APRIL) peaks in myeloid precursor cells from human bone marrow.
BLOOD
2011 vol. 118(7) pp. 1838-1844
MATTHES T, DUNAND-SAUTHIER I, SANTIAGO-RABER ML, KRAUSE KH, DONZE O, PASSWEG J, MCKEE T, HUARD B

Missense SLC25A38 variations play an important role in autosomal recessive inherited sideroblastic anemia.
HAEMATOLOGICA
2011 vol. 96(6) pp. 808-813
KANNENGIESSER C AND AL.

Sideroblastic anemia: molecular analysis of the ALAS2 gene in a series of 29 probands and functional studies of 10 missense mutations.
HUMAN MUTATION
2011 vol. 32(6) pp. 590-597
DUCAMP S AND AL.

Activation of the aryl hydrocarbon receptor reveals distinct requirements for IL-22 and IL-17 production by human T helper cells.
EUROPEAN JOURNAL OF IMMUNOLOGY
2010 vol. 40(9) pp. 2450-2459
RAMIREZ JM, BREMBILLA NC, SORG O, CHICHEPORTICHE R, MATTHES T, DAYER JM, SAURAT JH

CD56bright NK cells after hematopoietic stem cell transplantation are activated mature NK cells that expand in patients with low numbers of T cells.
EUROPEAN JOURNAL OF IMMUNOLOGY
2010 vol. 40(11) pp. 3246-3254
VUKICEVIC M, CHALANDON Y, HELG C, MATTHES T, DANTIN C, HUARD B, CHIZZOLINI C, PASSWEG J, ROOSNEK E

Growth differentiation factor 15 production is necessary for normal erythroid differentiation and is increased in refractory anaemia with ring-sideroblasts
BRITISH JOURNAL OF HAEMATOLOGY
2009 vol. 144(2) pp. 251-262
RAMIREZ JM, SCHAAD O, DURUAL S, COSSALI D, DOCQUIER M, BERIS P, DESCOMBES P, MATTHES T

Tumors that look for their springtime in APRIL.
CRITICAL REVIEWS IN ONCOLOGY HEMATOLOGY
2009 vol. 72(2) pp. 91-97
ROOSNEK E, BURJANADZE M, DIETRICH PY, MATTHES T, PASSWEG J, HUARD B

Fine-needle aspiration of the diffuse sclerosing variant of papillary thyroid carcinoma masked by florid lymphocytic thyroiditis; A potential pitfall
DIAGNOSTIC CYTOPATHOLOGY
2009 vol. 37(9) pp. 671-675
BONGIOVANNI M, TRIPONEZ F, MCKEE T, KUMAR N, MATTHES T, MEYER P

Intraplatform reproducibility and technical precision of gene expression profiling in 4 laboratories investigating 160 leukemia samples: the DACH study.
CLINICAL CHEMISTRY
2008 vol. 54(10) pp. 1705-1715
KOHLMANN A AND AL.

APRIL secreted by neutrophils binds to heparan sulfate proteoglycans to create plasma cell niches in human mucosa.
JOURNAL OF CLINICAL INVESTIGATION
2008 vol. 118(8) pp. 2887-2895
HUARD B AND AL

Neutrophil-derived APRIL concentrated in tumor lesions by proteoglycans correlates with human B-cell lymphoma aggressiveness
BLOOD
2007 vol. 109(1) pp. 331-338
SCHWALLER J, SCHNEIDER P, MHAWECH-FAUCEGLIA P, MCKEE T, MYIT S, MATTHES T, TSCHOPP J, DONZE O, LE GAL FA, HUARD B

Molecular mechanism of hepcidin deficiency in a patient with juvenile hemochromatosis.
HAEMATOLOGICA
2007 vol. 92(1) pp. 127-128
RIDEAU A, MANGEAT B, MATTHES T, TRONO D, BERIS P

Junctional adhesion molecule C (JAM-C) distinguishes CD27+ germinal center B lymphocytes from non-germinal center cells and constitutes a new diagnostic tool for B-cell malignancies
LEUKEMIA
2007 vol. 21(6) pp. 1285-1293
ODY C, JUNGBLUT-RUAULT S, COSSALI D, BARNET M, AURRAND-LIONS M, IMHOF BA, MATTHES T

Lentiviral PU.1 overexpression restores differentiation in myeloid leukemic blasts
LEUKEMIA
2007 vol. 21(5) pp. 1050-1059
DURUAL S, RIDEAU A, RUAULT-JUNGBLUT S, COSSALI D, BERIS P, PIGUET V, MATTHES T

Paracrine promotion of tumor development by the TNF ligand APRIL in Hodgkin's Disease
LEUKEMIA
2007 vol. 21(6) pp. 1324-1327
SCHWALLER J, WENT P, MATTHES T, DIRNHOFER S, DONZE O, MHAWECH-FAUCEGLIA P, MYIT S, HUARD B

A follow-up: previously reported apparent lymphomatoid contact dermatitis, now followed by T-cell prolymphocytic leukaemia
BRITISH JOURNAL OF DERMATOLOGY
2006 vol. 155(3) pp. 633-634
ABRAHAM S, BRAUN RP, MATTHES T, SAURAT JH

Different pathophysiological mechanisms of intramitochondrial iron accumulation in acquired and congenital sideroblastic anemia caused by mitochondrial DNA deletion
EUROPEAN JOURNAL OF HAEMATOLOGY
2006 vol. 77(2) pp. 169-174
MATTHES T, RUSTIN P, TRACHSEL H, DARBELLAY R, COSTARIDOU S, XAIDARA A, RIDEAU A, BERIS P

Domaines de recherche




BASE DE DONNÉES-RECHERCHE	GROUPE DE RECHERCHE CLINIQUE ORIENTEE PATIENTS

Prof. Thomas Matthes	CV du Chef de Groupe	Sujet de Recherche	Composition du Groupe


	Coordonnées du groupe Professeur Thomas Matthes HUG/Spécialités de Médecine Service d'Hématologie Rue Gabrielle-Perret-Gentil 4 1211 Genève 4 Suisse Thomas.Matthes@hcuge.ch Tél.: +41 22 372 39 30 Commentaires Pages générées le 17.11.2015		Sujet de recherche \| Publications du groupe \| Domaines de recherche Analyses cellulaires et moléculaires des hémopathies malignes Le diagnostic des leucémies et lymphomes est basé sur une synthèse de résultats émanant de plusieurs techniques de laboratoire: analyses morphologiques par microscopie, analyses immunophénotypiques par cytométrie en flux, analyses chromosomiques par caryotype et FISH, ainsi que des analyses génétiques employant des méthodes de biologie moléculaire (p.ex.: PCR, qRT-PCR). Seule l'interprétation correcte de ces différentes analyses par des spécialistes permet de formuler le diagnostic précis et l'élaboration d'une approche thérapeutique adaptée. Notre groupe développe des nouvelles méthodes moléculaires avec le but de perfectionner et en même temps simplifier la classification des hémopathies malignes. Projet 1: Diagnostic par analyse du profil d'expression génique. Depuis le développement des micropuces qui permettent l'analyse de l'expression globale du profil génique d'une population cellulaire, plusieurs études ont montré le potentiel de cette approche dans la classification des leucémies aiguës et des lymphomes. Notre recherche utilise une approche similaire en combinant un nouveau système d'analyse digitale du profil d'expression génique plus sensible et plus précis que la méthode des micropuces avec des nouvelles méthodes mathématiques d'analyse des données. En collaboration avec une équipe de la Haute Ecole HEIG-VD d'Yverdon nous developpons des algorithmes dżanalyses supervisées et non-supervisées basés sur la logique floue pour optimiser le processus de classification pour chaque patient. Projet 2: Diagnostic par séquençage haut débit. Au cours des dernières années est apparue une nouvelle génération de séquenceurs dits à haut débit permettant probablement dans les années à venir le séquençage du génome entier d'un patient dans un laboratoire hospitalier de génétique moléculaire. Le séquençage d'un génome tumoral présente néanmoins un certain nombre de difficultés (taille et état de conservation de la pièce, ploïdie, hétérogénéité cellulaire clonale et sous-clonale...). En outre les mutations sont somatiques et variées (mutations ponctuelles, délétions, duplications, insertions/délétions, réarrangements...). Tous ces éléments rendent indispensables la comparaison génome tumoral/génome constitutionnel du malade. Notre projet actuel porte sur le séquençage après capture de régions particulières du génome, en collaboration avec la compagnie Sophia Genetics et D.Hochstrasser (DMGL, HUG). Projet 3: Analyse de la molécule d'adhésion JAM-C comme marqueur de lymphome et cible de traitement. La molécule JAM-C est une molécule d'adhérence, exprimée à la surface des cellules endothéliales des vaisseaux sanguins au niveau des jonctions intercellulaires. Elle est impliquée dans la migration des cellules hématopoïétiques à travers la barrière endothéliale et l'accumulation des leucocytes au lieu d'une inflammation tissulaire. Nous avons montré que JAM-C est également exprimé à la surface des lymphocytes B et que les lymphocytes tumoraux de certains lymphomes B expriment fortement JAM-C, ce qui nous suggère que cette molécule pourrait être impliquée dans la croissance de ces lymphomes ainsi que dans leur dissémination. Notre recherche vise à étudier dans un modèle murin, si un traitement avec des anticorps -JAM-C ou des ligands solubles de JAM-C pourrait diminuer la croissance de lymphomes B et la migration des lymphocytes tumoraux dans les organes lymphoïdes. Ce projet devrait nous permettre d'établir JAM-C comme une cible pour une immunothérapie des lymphomes B. Publications du groupe Expression profiling of human immune cell subsets identifies miRNA-mRNA regulatory relationships correlated with cell type specific expression. PLOS ONE 2012 vol. 7(1) pp. 29979-29979 ALLANTAZ F AND AL. Using digital RNA counting and flow cytometry to compare mRNA with protein expression in acute leukemias. PLOS ONE 2012 vol. 7(11) pp. 49010-49010 FERNANDEZ P AND AL. Production of the plasma-cell survival factor a proliferation-inducing ligand (APRIL) peaks in myeloid precursor cells from human bone marrow. BLOOD 2011 vol. 118(7) pp. 1838-1844 MATTHES T, DUNAND-SAUTHIER I, SANTIAGO-RABER ML, KRAUSE KH, DONZE O, PASSWEG J, MCKEE T, HUARD B Missense SLC25A38 variations play an important role in autosomal recessive inherited sideroblastic anemia. HAEMATOLOGICA 2011 vol. 96(6) pp. 808-813 KANNENGIESSER C AND AL. Sideroblastic anemia: molecular analysis of the ALAS2 gene in a series of 29 probands and functional studies of 10 missense mutations. HUMAN MUTATION 2011 vol. 32(6) pp. 590-597 DUCAMP S AND AL. Activation of the aryl hydrocarbon receptor reveals distinct requirements for IL-22 and IL-17 production by human T helper cells. EUROPEAN JOURNAL OF IMMUNOLOGY 2010 vol. 40(9) pp. 2450-2459 RAMIREZ JM, BREMBILLA NC, SORG O, CHICHEPORTICHE R, MATTHES T, DAYER JM, SAURAT JH CD56bright NK cells after hematopoietic stem cell transplantation are activated mature NK cells that expand in patients with low numbers of T cells. EUROPEAN JOURNAL OF IMMUNOLOGY 2010 vol. 40(11) pp. 3246-3254 VUKICEVIC M, CHALANDON Y, HELG C, MATTHES T, DANTIN C, HUARD B, CHIZZOLINI C, PASSWEG J, ROOSNEK E Growth differentiation factor 15 production is necessary for normal erythroid differentiation and is increased in refractory anaemia with ring-sideroblasts BRITISH JOURNAL OF HAEMATOLOGY 2009 vol. 144(2) pp. 251-262 RAMIREZ JM, SCHAAD O, DURUAL S, COSSALI D, DOCQUIER M, BERIS P, DESCOMBES P, MATTHES T Tumors that look for their springtime in APRIL. CRITICAL REVIEWS IN ONCOLOGY HEMATOLOGY 2009 vol. 72(2) pp. 91-97 ROOSNEK E, BURJANADZE M, DIETRICH PY, MATTHES T, PASSWEG J, HUARD B Fine-needle aspiration of the diffuse sclerosing variant of papillary thyroid carcinoma masked by florid lymphocytic thyroiditis; A potential pitfall DIAGNOSTIC CYTOPATHOLOGY 2009 vol. 37(9) pp. 671-675 BONGIOVANNI M, TRIPONEZ F, MCKEE T, KUMAR N, MATTHES T, MEYER P Intraplatform reproducibility and technical precision of gene expression profiling in 4 laboratories investigating 160 leukemia samples: the DACH study. CLINICAL CHEMISTRY 2008 vol. 54(10) pp. 1705-1715 KOHLMANN A AND AL. APRIL secreted by neutrophils binds to heparan sulfate proteoglycans to create plasma cell niches in human mucosa. JOURNAL OF CLINICAL INVESTIGATION 2008 vol. 118(8) pp. 2887-2895 HUARD B AND AL Neutrophil-derived APRIL concentrated in tumor lesions by proteoglycans correlates with human B-cell lymphoma aggressiveness BLOOD 2007 vol. 109(1) pp. 331-338 SCHWALLER J, SCHNEIDER P, MHAWECH-FAUCEGLIA P, MCKEE T, MYIT S, MATTHES T, TSCHOPP J, DONZE O, LE GAL FA, HUARD B Molecular mechanism of hepcidin deficiency in a patient with juvenile hemochromatosis. HAEMATOLOGICA 2007 vol. 92(1) pp. 127-128 RIDEAU A, MANGEAT B, MATTHES T, TRONO D, BERIS P Junctional adhesion molecule C (JAM-C) distinguishes CD27+ germinal center B lymphocytes from non-germinal center cells and constitutes a new diagnostic tool for B-cell malignancies LEUKEMIA 2007 vol. 21(6) pp. 1285-1293 ODY C, JUNGBLUT-RUAULT S, COSSALI D, BARNET M, AURRAND-LIONS M, IMHOF BA, MATTHES T Lentiviral PU.1 overexpression restores differentiation in myeloid leukemic blasts LEUKEMIA 2007 vol. 21(5) pp. 1050-1059 DURUAL S, RIDEAU A, RUAULT-JUNGBLUT S, COSSALI D, BERIS P, PIGUET V, MATTHES T Paracrine promotion of tumor development by the TNF ligand APRIL in Hodgkin's Disease LEUKEMIA 2007 vol. 21(6) pp. 1324-1327 SCHWALLER J, WENT P, MATTHES T, DIRNHOFER S, DONZE O, MHAWECH-FAUCEGLIA P, MYIT S, HUARD B A follow-up: previously reported apparent lymphomatoid contact dermatitis, now followed by T-cell prolymphocytic leukaemia BRITISH JOURNAL OF DERMATOLOGY 2006 vol. 155(3) pp. 633-634 ABRAHAM S, BRAUN RP, MATTHES T, SAURAT JH Different pathophysiological mechanisms of intramitochondrial iron accumulation in acquired and congenital sideroblastic anemia caused by mitochondrial DNA deletion EUROPEAN JOURNAL OF HAEMATOLOGY 2006 vol. 77(2) pp. 169-174 MATTHES T, RUSTIN P, TRACHSEL H, DARBELLAY R, COSTARIDOU S, XAIDARA A, RIDEAU A, BERIS P Domaines de recherche